在監測我國水環境工作中應用高效液相色譜，可以有效監測水環境當中的農藥殘留，可以針對殘留成分加以精準分析，在高效液相色譜儀中可以清楚表達不同物質特征，進而為掌握水體污染情況提供必要的技術支撐。例如針對醚菊酯、芐氯菊酯在水環境中的殘留情況進行監測時，應用高效液相色譜得到信息為直線形式，那么則表明在該水體環境中沒有受到此類農藥污染。對水體環境中的多形態污染物質進行監測與評定時，應用效液相色譜儀同樣可以發揮一定的積極作用。化學原色在自然界中的形態千差萬別，應用高效液相色譜可以為治理水環境提供強大的技術支持。一些毒性物質極易在應用高效液相色譜的情況下監測出來，這樣在環境狀態評價、制定應對方案方面具有很大的現實意義。

　　一、對陰離子含量進行分析。以往在監測與分析水環境當中的陰離子時，主要采取的方式是“分光光度法”或者是“容量法”，可這兩種方法不僅會使用大量試劑，而且需要掌握一定的操作技術，在具體監測操作中并不靈活，通過高效液相色譜技術則可以強化分離效果，讓監測與分析陰離子時更加高效。在監測與分析水環境陰離子含量中，有效應用高效液相色譜技術，能夠同時開展其他監測工作，而且監測效率與最終監測效果均較為理想。

　　二、監測傳統污染物質。對水環境傳統污染物質監測中，一般情況是關于污染物質種類、含量、污染性這幾個方面展開監測。在我國有關標準中，將傳統污染物質分為營養元素、特殊元素等。以往所采取的監測設備在對污染物質進行監測，難以實現有效區分與高效率監測，但是應用高效液相色譜技術則能兼顧兩者，在實現監測效率提升的同時詳細區分各種元素，在監測在水環境中這些污染物質的類別與實際含量，由此為后續的水質分析提供數據信息支持。與此同時，該項技術還可以對化學污染與工業廢水加以監測，校驗其中的重金屬元素、有害物等，防止污水進一步污染周圍水環境。